Zwischen dem 16. März und 20. April 2006 sowie zwischen dem 13. August 2006 und 7. Januar 2007 strahlte Sat.1 die dritte Staffel von «Navy CIS» als Erstausstrahlung aus.
Den Staffelauftakt „Das Duell (Teil I)“ sahen am Donnerstag, den 16. März 2006, durchschnittlich 3,85 Millionen Zuschauer, dabei wurde ein Marktanteil von 12,1 Prozent erreicht. Bei den 14- bis 49-Jährigen sahen 18,7 Prozent die Serie von den «JAG»-Machern. Den zweiten Teil der Geschichte, der eine Woche später gezeigt wurde, verfolgten 3,78 Millionen Bürger der Bundesrepublik, wobei der Marktanteil auf 12,4 Prozent kletterte, in der Zielgruppe lag Serie, die in den USA bei CBS läuft, bei 18,1 Prozent. „Der Mann in der Todeszelle“ interessierte 3,53 Millionen Fernsehzuschauer, ebenso wie die Reichweite sank der Marktanteil am 30. März 2006 auf 11,1 Prozent ab (17,2% MA bei den 14- bis 49-Jährigen).
Durchschnittlich erreichte «Navy CIS» im März 2006 3,72 Millionen Zuschauer, dabei wurden 11,9 Prozent Marktanteil erzielt, bei den Werberelevanten betrug der Marktanteil 18 Prozent. Mit 3,73 Millionen Zuschauern im April sowie 12,2 Prozent Marktanteil bei den Zuschauern ab drei Jahren erreichte der letzte Ausstrahlungsmonat, in dem Erstausstrahlungen am Donnerstagabend gezeigt wurden, gute Werte. 19,3 Prozent bei den für die Werbewirtschaft wichtigen Zuschauern dürften die Sat.1-Macher fröhlich gestimmt haben – damit erreichte man nochmals höhere Werte als im März.
Insgesamt erreichten alle sechs Folgen der dritten Staffel, die am Donnerstag um 21.15 Uhr über den Sender gingen 3,73 Millionen Zuschauer (12,1% MA). Der Marktanteil in der Zielgruppe betrug 18,6 Prozent. Die verbleibenden18 Episoden der dritten Staffel, die am Sonntagabend um 20.15 Uhr gesendet wurden, sahen 3,57 Millionen Zuschauer (10,2% MA). Der Marktanteil der werberelevanten Zuseher betrug 17,0 Prozent und liegt damit deutlich unter dem Donnerstags-Wert. Dennoch ist dies als großer Erfolg zu werten, schließlich ist auch die Konkurrenz um ein Vielfaches größer als am Donnerstag.
Am 13. August 2006 erreichte Folge 3x07 „Projekt ‚Honor’“ 3,81 Millionen Fernsehzuschauer am Sonntagabend. Bei allen Zuschauern sahen 12,0 Prozent der Fernsehzuschauer Sat.1, 21,1 Prozent waren zwischen 14 und 49 Jahren alt. Schon eine Woche später fielen die Quoten herab, 3,54 Millionen Zuschauer (11% MA) wurden mit „Goldherz“ erreicht. Bei den für die Werbewirtschaft interessanten Zusehern wählten 18,6 Prozent den Bällchensender. Mit „In der Falle“ (3x09) sanken die Einschaltquoten unter die Zehn-Prozent-Hürde, doch die Quoten blieben weiterhin gut. 3,27 Millionen Bundesbürger bescherten Sat.1-Chef Roger Schawinski 9,7 Prozent Marktanteil ab drei Jahren sowie 17,1 Prozent in der Zielgruppe.
Nach dem Staffeltief vom 15. Oktober 2006 mit 3,15 Millionen Zuschauer (8,5|13,2), rappelten sich die Einschaltquoten auf lange Sicht wieder auf. Während der Oktober 2006 3,41 Millionen Bundesbürger begeisterte (9,5|15,0), stiegen die Zuschauerzahlen im November auf 3,74 Millionen Zuschauer an (10,0|16,4). Der Dezember brachte «Navy CIS» 3,79 Millionen Zuschauer (10,3|17,4).
Der erste Teil des Staffelfinales wurde am 17. Dezember 2006 von 3,96 Millionen Zuschauern gesehen. Der Marktanteil erreichte 10,9 Prozent in der Zuschauergruppe ab drei Jahren sowie 18,7 Prozent in der Zielgruppe. Am 7. Januar wurde dann die zweite Hälfte der finalen Geschichte gezeigt - diese sahen 3,94 Millionen Zuschauer (10,5|18,6).
Die gesamte dritte Staffel von «Navy CIS» wurde von 3,60 Millionen Fernsehzuschauern verfolgt. Der Marktanteil von 10,6 Prozent liegt deutlich über dem Sat.1-Schnitt. Aktuell erzielt der Berliner Sender 9,3 Prozent Marktanteil. Bei den 14- bis 49-Jährigen erreicht Sat.1 elf Prozent Marktanteil, «Navy CIS» kommt hingegen auf über 17 Prozent.